重庆市畜牧科学院系公益一类畜牧科研事业单位。是重庆市以畜牧业产前、产中、产后的关键技术和共性技术为主要研究领域的畜牧科学创新中心、国际合作中心和高级科技人才培养基地。主要职责任务是开展动物遗传育种与繁殖技术、动物营养与饲料科学、兽医与兽药科学、畜产品贮藏与加工技术、畜牧养殖环境与工程技术、牧草育种与草地生态等学科的基础性、应用性研究;承担畜牧业科技成果转化工作，开展畜牧科技合作与交流等职责任务。
院设有养猪、动物营养、经济动物、食品加工、草食牲畜、家禽、兽医兽药、畜牧工程、畜牧经济与信息技术、蚕业、草业、生物工程12个研究所，检测中心、培训交流中心、国际合作交流中心、生物技术中心等4个中心和办公室、党委办公室、组织人事处、财务处、科技管理处、科技成果转化处等10个综合处室。与重庆市武隆区、南川区、云阳县、酉阳县、黔江区、石柱县，四川泸州市等地政府(企业)联合组建有7个分院。
现有在职职工308人，具有高中级专业技术职务人员192人，博士23人、硕士104人，拥有新世纪***万人才工程国家级人选、***专家、农业部现代农业产业技术体系岗位科学家和学术技术带头人等突出贡献专家32人。
拥有实验室20000余平方米，实验仪器1200台套，试验基地5000余亩。拥有农业部种猪质量监督检验测试中心(重庆)，农业部养猪科学重点实验室，人事部博士后科研工作站，国家级品种资源保护场(重庆市种猪场)，养猪科学重庆市市级重点实验室，重庆市养猪工程技术研究中心，国家水禽产业技术体系重庆综合试验站，国家蜂产业技术体系重庆综合试验站等29个省部级研发平台。
先后承担各级各类科研项目700余项，其中国家级项目50余项、省(部)级项目216项、厅(局)级项目66项;获得国家、省(部)级科技成果奖200余项，授权专利120余项，发表学术论文1500余篇，出版论著80余部，研制新产品500余个。尤其是国家“十一五”以来，在科技支撑计划中主持7项，主研14项，以第一主持单位主持的《荣昌猪品种资源保护与开发利用》获国家科技进步奖二等奖，开展的荣昌猪遗传资源保护与利用、肉质性状研究等处于国内领先水平，开辟了我国地方猪种保护性研究的新思路、新方法与新模式。在人源化抗体转基因动物研究、遗传性感音神经性耳聋动物模型研究以及非常规饲料的开发利用等研究领域已走在了全国乃至世界的前列。创办有市级农业产业化龙头企业“重庆泰华牧业(集团)有限公司”等18个畜牧科技型企业。
先后荣获全国文明单位、全国科技特派员先进集体、重庆市先进基层党组织、市委农工委先进基层党组织、重庆市文明单位标兵等荣誉称号;被命名为全国科普教育基地、科技部国际科技合作基地和重庆国际科技合作基地。
