动物科学技术学院历经江西农学院畜牧兽医学院、江西共产主义劳动大学总校牧医系、江西农业大学牧医系，其前身是国立中正大学农学院畜牧兽医系。1992年成立江西农业大学畜牧兽医学院，1996年更名为动物科学技术学院。
学院设动物科学系、动物医学系、水产系和动物药学系，并设有江西省动物生物技术重点开放实验室、江西省高等学校动物营养与饲料科学重点实验室、江西省饲料科学研究所等7个研究所(室)，仪器设备总值6000余万元，其中江西省动物生物技术实验室是江西省第一个重点开放实验室、农业部重点开放实验室、江西省唯一的省部共建国家重点实验室培育基地。学院建有江西农大种猪场、江西农大兽医院等校内实训基地，另有十多个校外实训基地。现任院长瞿明仁，副院长陆伟(兼)、游金明、丁能水。
学院现有在职教工98人，学院黄路生教授是江西省唯一的一个中国科学院院士。目前有管理岗位5人，专业技术岗位84人，工勤技能岗位9人。在专业技术岗位人员中，有正高16人，副高45人，中级及以下27人。学院教师中已获博士学位45人，正在攻读博士学位6人。学院有博士生导师6人，硕士生导师30人，有国家***万人才工程人选2人，江西省***万人才工程人选6人，有井冈学者特聘教授1人，国家农业化体系岗位科学家3人，国家有突出贡献的中青年专家1人，国家杰出专业技术人才1人，江西省跨世纪学术带头人3人，江西省高校中青年学科带头人7人，江西省高校中青年骨干教师4人，校首席教授1人，未来之星10人。
学院已形成本科、硕士、博士并举的教育培养体系，现设有1个畜牧学博士后流动站，4个博士点，6个学术型学位硕士点，2个专业学位硕士授予点，有动物科学、动物医学、水产养殖学、动物药学4个本科专业，在校学生1012人，其中博士生13人，硕士生78人，本科生921人。另有专业学位硕士生55人。
学院高度重视教学工作，大力推进本科“质量工程”建设，强化实践特色，坚持每年安排应届毕业生轮流到校内基地实习，在教师中开展“优秀授课教师”评选活动，鼓励教师积极申报各类教学研究课题和从事教学研究。2007年，“动物科技学院实践教学体系的建设与实践”教研课题获江西省教学成果一等奖，动物科学专业被批准为国家二类特色专业，江西省仅获2个。2008年，“动物营养与饲料科学教学团队”被批准为江西省教学团队，“动物生产与疫病防控实验教学示范中心”被批准为江西高校实验教学示范中心，动物医学专业被批准为江西省特色专业。
学院切实加强学科建设，不断增强学院发展后劲。通过加强人才培养，组建学科团队及加强基础平台建设。“动物遗传育种与繁殖学”、“特种经济动物饲养学”、 “动物医学”是江西省重点学科。“动物营养与饲料科学”是江西省第二批示范性硕士点。2008、2010年分别有一篇硕士毕业论文被评为第二届、第三届全国兽医专业学位优秀硕士学位论文。2009年，“动物遗传育种与繁殖”学科成为“江西省重中之重学科”，“动物营养与饲料科学实验室”成为江西省高等学校重点实验室,学院畜牧学获得江西省研究生教育创新基地(第一批)。
学院科研实力雄厚，成果丰硕。自2000年以来，共获批各级各类项目150余项，经费6000余万元，在国家级学术期刊上发表论文1400余篇，其中 SCI收录120余篇，主编或参编国家级教材40余部，获得专利10余项。科研项目涵盖国家自然科学基金***基金(总理基金)、国家转基因重大专项、 863、973计划、国家现代农业产业技术体系岗位科学家资助计划、国家公益性行业科研重大专项、国家农业科技成果转化资金项目、国家自然科学基金及江西省各级各类课题等。科研成果获国家科技进步二等奖一项，国家发明二等奖一项，江西省自然科学一等奖1项，江西省科技进步一等奖1项、二等奖5项、三等奖3项，农业部全国农牧渔业丰收奖二等奖2项、三等奖6项，江西省自然科学三等奖2项等等。
