四川农业大学动物遗传育种研究所于2009年12月在动物遗传育种与繁殖学科基础上组建成立，副处级建制，挂靠四川农业大学动物科技学院。1984年动物遗传育种学科被批准为全国畜牧领域第一批博士学位授权点，1992年进入四川省首批省级重点学科的建设，1998年纳入国家" 211工程" 重点建设学科，1999年被教育部批准为***特聘教授设岗学科; 所在一级学科— — 畜牧学2000年被教育部增列为博士学位授权学科，2001年设立博士后流动站。2004年动物遗传育种学科点再次被批准为四川省教育厅重中之重建设学科，2006年批准建设" 畜禽品种资源发掘与利用" 省高校重点实验室，2007年被教育部批准为国家重点(培育)学科，2013年批准建设" 畜禽遗传资源发掘与创新利用" 四川省重点实验室，2013年" 川猪遗传改良与安全生产" 创新团队入选教育部" ***和创新团队发展计划" 。2011年迁入成都校区。
研究所目前下设5个研究室(家禽研究室、猪研究室、草食动物研究室、动物遗传进化研究室和动物基因组学研究室)，1个公共实验室和1个行政办公室。研究所现有教学科研和管理人员37人，其中教授(研究员)15人、副教授(副研究员)9人、讲师(助理研究员)10人、高级实验师1人; 26人具有博士学位，8人具有硕士学位; 博士生导师15人，硕士生导师18人; 国家杰出贡献高级专家1人、国家有突出贡献的中青年专家2人、国家***万人才工程人选2人，教育部新世纪优秀人才1人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家4人，享受国务院***专家5人，四川省学术和技术带头人6人，四川省学术和技术带头人后备人选11人，四川省有突出贡献的优秀专家6人，四川省教学名师1人，四川省" ***计划" 青年项目1人，四川省" ***计划" 项目1人，已初步形成一支结构合理、凝聚力和创新能力突出的学术队伍。
经过长期的教学和科研实践，研究所已形成了具有优势特色的研究领域和稳定的研究方向。在传统动物遗传育种研究领域，运用动物数量遗传理论和方法，培育出了一批畜禽新品种(品系)，在猪、羊、家禽和兔育种领域具有比较明显的优势; 在分子遗传研究领域，突出对分子标记与重要经济性状的分子遗传机制方面的研究，取得了一系列重要成果。同时，还实现了将动物遗传育种学科和分子生物学与生物化学学科有机结合，形成了分子数量遗传学研究方向，显现出强大的生命力。近三年来，研究所共主持和承担国家级和省部级科研项目60项，国际国内横向合作项目20余项。完成成果鉴定20余项，其中获部省级三等以上科技奖励15 项; 在国内外期刊发表论文400余篇，SCI、EI收录论文200余篇，出版专著、教材15部。
研究所承担了动物科学专业、动物遗传育种与繁殖专业的本科、硕士、博士各层次的人才培养任务。在人才培养中，始终坚持质量第一。迄今为止，已招收培养博士研究生22人，硕士研究生200余人; 现有在校博士生24人，硕士生150人。研究生整体培养质量达国内领先水平，社会各界评价动物遗传育种学科学生" 基础扎实、创新实践能力强、勤奋朴实、综合素质较高" 。
研究所拥有与国际同类学科相当的教学科研和实验室条件。实验室分布于雅安校区和成都校区，总面积达3000平方米，设有6个功能实验室，实验仪器和设备总价值达2000余万元，2013年被批准为" 畜禽遗传资源发掘与创新利用" 四川省重点实验室。在学校教学科研园区内建有配套的家禽、猪、牛、羊、兔繁育基地，占地面积215亩，房屋建筑面积2万余平方米，投资1200余万元，对动物遗传育种学科跟踪国际前沿，开展高水平研究奠定了坚实的基础。
研究所积极探索建立产学研新模式，加强与地方及国内外企业的广泛合作。通过建立" 专家大院" 、" 博士工作站" 等方式，以产业为支撑、项目为载体，创新合作机制，共同对畜牧科学中的技术难题进行攻关，取得了丰硕的成果，也促进了学科发展，提高了科研水平和人才培养质量。
