新疆畜牧科学院是由原新疆农科院畜牧兽医研究所和自治区畜牧厅草原研究所为基础于1982年10月组建而成。建院以来，始终围绕新疆畜牧业生产发展需要，坚持开展以牛羊反刍草食家畜为主要研究对象，以生物技术、繁殖育种、高效养殖、优良牧草品种培(选)育、兽医兽药、动物保健等为主要内容的科学研究、技术开发、科技示范与推广工作，取得了一系列重大科技成果，为新疆的畜牧科技进步和畜牧业发展做出了重要贡献。
目前全院设有畜牧、兽医、草原、科技信息、饲料研究所和中澳绵羊育种研究中心等6个研究单位，以及农业部家畜繁育生物技术重点开放实验室、农业部新疆旱生牧草原种基地和农业部种羊及羊毛羊绒质量监督检验测试中心、新疆畜牧科技培训中心、新疆现代畜牧业生产力促进中心、新疆畜牧科学院工程咨询中心等机构，是科技部确认的全国牛胚胎移植技术依托单位。畜牧研究所的家畜繁殖研究室是我国参加亚太地区生物技术网的五个成员之一。全院现有职工415人，其中专业技术人员325人(高级职称134人;博士22人，硕士85人，自治区优秀专家3人，享受***28人)。博士生导师3位，硕士生导师17位;聘请了刘守仁、夏咸柱2位院士和9位国内外知名专家为学院客座研究员。
建院以来，先后承担国家和省部级各类计划项目600余项，共取得科技成果320余项，其中获国家和省部级科技奖励220余项。共发表论文1600余篇，出版著作20余部。"牛胚胎移植技术研究与应用"、"O型口蹄疫鸡胚化弱毒乳兔反应苗"等10项成果获国家科技进步奖;主持培育出"中国美利奴羊(新疆型)"、"新吉毛羊"、"新疆瘦肉型猪"等新品种;培(选)育的"新多二号青贮玉米"、"木地肤"、"新引1号东方山羊豆"先后获农业部牧草新品种(系)证书;研制的"口蹄疫A型活疫苗"、"牛羊口蹄疫活疫苗"、"吡喹酮药饵"获国家新兽药证书，"杀虫油剂"(国家发明专利)获自治区新兽药证书，并先后投入商业化生产;建立了国内第一个畜产品标准化体系《新疆细羊毛标准体系》，创立的"萨帕乐"品牌细羊毛屡创国内羊毛拍卖最高价，并首开我国原毛出口先河。
"十五"以来，围绕新疆建立优质毛、绒、奶、肉基地的产业调整战略，针对生产实际和发展需要，以提高综合生产效益和农牧民增产增收为核心，选定牛羊为主的草食家畜现代育种与繁殖、高效饲养、胚胎工程、重大动物疫病与人畜共患病、草地高效综合利用为突破口，主持承担国家科技攻关、国家863计划、国家奶业重大科技专项、国家西部开发科技专项、国家自然科学基金、农业科技跨越计划、国家948项目、国家农业综合开发以及自治区的重大或重点课题50余项。先后在牛羊胚胎工程、重大动物疫病和人畜共患病的诊断监测与防制技术、兽用疫苗和新兽药研制技术、畜禽常见病多发病防治技术、家畜乳腺生物反应器、优质细毛羊新品种培育、奶业现代化生产配套技术、毛绒生产管理标准化、奶肉牛高效生产技术研发、工厂化肉牛(羊)生产综合配套技术、优质高产牧草种子培育与产业化等方面开展了较为系统深入的研究，创新突破了许多重大的关键技术，部分技术已实现产业化。
新一届院党委通过认真研究分析新疆提升改造传统畜牧业和发展探索现代畜牧业的产业科技发展需求，提出以"科研立院、开发强院、人才兴院"为核心的"二次创业"发展战略，按照"突出现有技术优势，突出新疆资源优势，突出解决制约新疆现代畜牧业发展重大技术问题"的思路，通过结构和机制调整，整合科技资源、调整科研方向、优化专业布局、加强学科建设、拓宽开发领域、强化人才培养、构建科研平台、提升研究水平。在"十一五"期间，努力构建集畜牧科学技术研发、技术集成示范和成果转化推广为一体的"新疆畜牧业高科技研发中心"，集中学院在国内具有比较优势的反刍家畜资源、科研实力和技术优势力量，以生物工程技术、畜牧生产精准集成技术、数字化信息技术、畜产品加工技术、牧业生产安全保障技术为核心，建立高水平、***的区域性畜牧科技创新和技术研发条件平台，努力推动新疆乃至西北地区的动物生物技术产业化，成为我国西部重要的以生物技术为特征的现代畜牧高科技研发基地。
