动物进化与系统学院重点实验室 于2008年12月正式成立，其前身是2007年成立的中国科学院动物研究所动物进化与系统学所级重点实验室。实验室历史悠久，可追溯至1860年由法国传教士韩伯禄(P.M. Heude, 1836-1902)在上海创建的徐家汇博物馆(Musée de Zi-Ka-wei，1930年改称震旦大学博物院(Musée de Heude)，是经过几代科学家近80年的努力，逐步建立和发展起来的。
实验室先后有秉志、陈桢、陈世骧、刘崇乐、蔡邦华、郑作新、张广学先生当选为中国科学院学部委员或院士。自解放以来，共发表各类研究论文6000余篇、专著300余部，先后获得全国科学大会奖8项、国家自然科学奖4项、国家科技进步奖6项、中国科学院自然科学奖和科技进步奖等54项、省部委科研成果奖数百项。
实验室有15个研究组、1个动物标本馆以及1个科技部重点领域创新团队，有固定成员70人。研究队伍中包括国家***科学基金获得者7人、中国科学院“***计划”人才入选者8人、青年***入选者1人、人事部“***万人才工程国家级人选”入选者4人、中组部“***”1人。1人任国际蚜虫学大会主席、1人任《昆虫学报》(中国科协一级学会主办刊物)主编、1人任《动物分类学报》主编，1人任《Journal of Ornithology》亚洲地区主编、42人次任SCI等国际国内刊物副主编或编委、46人次在国际相关组织中任职。实验室已经形成了一支在国内外具有一定影响的优秀团队。
实验室致力于应用分类学知识为国家需求和公众教育服务，通过对我国重要的社会性及经济性动物类群，如重要的农林动物有害类群、天敌类群、与人类健康有关的医学动物类群等资源与种类的调查、编目、分类与描记，摸清我国的动物资源，为国家的经济建设、生态建设、环境安全和动物资源的持续利用提供科学资料、技术支撑和战略对策;通过有害动物种类的检疫、鉴定，外来入侵种的监控，为农林业生产服务，为国家安全、国民经济和社会可持续发展不断做出创新性贡献。
实验室以解决动物系统学及进化生物学领域的关键基础科学问题及面向国家需求为目标，通过宏观与微观生物学手段相结合，综合形态与分子等多层次数据，研究和描记动物物种的多样性，重建物种及种上阶元的系统发育关系，探讨物种及物类的起源与演化，研究协同进化及生态适应的过程与机制;解析物种的地理分布格局及其形成机制，探讨全球环境变化对物种分布及演化的影响;研究动物扩散规律以及入侵生物和重要疫病媒介动物的防控策略;为我国生物多样性资源的可持续利用与保护、为国家的经济建设和生态安全提供科学理论依据和技术支撑。 主要研究领域包括：动物物种多样性的发现、描记和编目、动物的系统发育、起源与演化、动物地理学、物种进化、进化生物学、物种多样性保护、有害动物及外来种的监控、标本信息的数字化及现代化管理等。研究对象涉及昆虫、无脊椎动物、鱼类、鸟类及兽类等。
