中国科学院动物研究所历史悠久，其前身是1928年成立的静生生物调查所、1929年成立的北平研究院动物学研究所和1930年成立的中央研究院动物研究所。1950年，中国科学院接收了上述三个研究所的部分资料、标本和设备，成立了中国科学院昆虫研究室和动物标本整理委员会。二者分别于1953年和1957年进一步发展为昆虫研究所和动物研究所，之后1962年两所合并成为现在的动物研究所。动物研究所曾产生过14位中国科学院学部委员(院士)，在国家自然资源调查、自然保护区设立、虫鼠害防治、珍稀濒危动物保护、生殖避孕等领域做出过重要历史贡献。近年来，多位国家领导人和中国科学院及各部委领导到动物研究所视察工作，对研究所发展战略、学科目标凝练、园区建设、科研进展、人才培养等方面提出重要指示。
动物研究所是以动物科学基础研究为主的社会公益型国家级科研机构。主要定位在围绕农业、生态、环境和人类健康及其人与自然协调并存等方面的国家重大需求和重要科学问题，结合动物科学最新发展方向，通过加强传统优势学科和新型学科和技术的交叉融合，以野生动物和模式动物为研究对象，在细胞编程与重编程的机制、干细胞生物学、生殖与发育调控、生物灾害爆发机制与控制、物种濒危机制与保护和物种形成与多样性维持机制等领域开展基础性、前瞻性和战略性研究，服务于"生态高值农业和生物产业"、"普惠健康保障"和"生态与环境保育发展"的战略需求。在我国生殖与发育、干细胞生物学研究领域发挥引领作用，在动物分类与进化、农业虫鼠害防控和濒危动物保护研究领域中发挥不可替代的作用。动物研究所"一三五"战略规划目标包括三个重大突破和六个重点培育方向：三个重大突破：(一)细胞编程与重编程的机制;(二)有害动物调控机制;(三)动物进化与保护。六个重点培育方向：(一)干细胞再生及转化医学;(二)生殖与发育调控机制;(三)生物灾害爆发机制与控制;(四)物种濒危机制及保护对策;(五)物种形成与多样性维持机制;(六)猪的诱变与疾病模型的创制。
动物研究所正式职工419人，其中院士2人，国家"***-科技创新领军人才"入选者1人，国家"***计划"入选者1人、国家"青年***计划"***8人(注：其中入选者5人、2014年申报候选人3人)，中国科学院"***计划"入选者30人，国家"***万人才工程"入选者16名。中国科学院先导专项首席科学家2人，国家"973"计划或重大研究计划项目首席科学家12人。国家自然科学基金委"创新群体"1个，中国科学院海外创新团队2个。"国家***基金"获得者26人，何梁何利科学与技术进步奖获得者2人，周光召基金会"***基础科学奖"获得者1人，中国科学院卓越青年科学家奖获得者1人;目前动物研究所有流动人员834人，其中在站博士后115人，在读注册博士和硕士研究生528人(其中博士研究生316人，硕士研究生212人)，另有与其他高校、科研院所联合培养的研究生137人。
2009-2013年，动物研究所作为第一完成单位共计发表SCI论文1197篇，其中在SCI TOP15%期刊发表论文419篇，在IF≧5期刊发表论文182篇。5年来，动物研究所共获得国家科技进步二等奖2项、中国科学院杰出成就奖2项、省部级科技奖励11项。
动物研究所近年来的国际学术交流活动日趋频繁，截至2013年12月31日，动物研究所科学家共有71人次在国际组织在任任职，95人次在国际学术期刊担任主编、副主编、编委等职务。自2009年至今，有来自美国、英国、法国、瑞典、德国、埃及等国家的36人次优秀外籍科学家到所工作，其中包括9位教授，2位副教授。动物研究所共举办各领域国际会议、国际培训班30个，共承担各类国际合作项目40多项。动物研究所现有五个中外联合研究中心，分别是：中法哺乳动物胚胎细胞生物学联合实验室、中美野生动物疫病研究中心、计算和进化生物学研究中心、中澳分类学虚拟实验室、细胞治疗国际联合研究中心。国际动物学会(International Society of Zoological Sciences) 秘书处和联合国粮农组织FAO Asia-Pacific Forest Invasive Species Network秘书处挂靠研究所
动物研究所主办的学术刊物有7种，分别是《Current Zoology》、《Insect Science》、《Integrative Zoology》、《昆虫学报》、《动物分类学报》、《动物学杂志》、《应用昆虫学报》，其中《Current Zoology》、《Insect Science》、《Integrative Zoology》是SCI收录的期刊，其影响因子依次为1.814、1.514和1.419。其他 4 种刊物为我国自然科学的核心期刊。自 2002 年起，动物研究所出版内部刊物《动物研究所所刊》。
动物研究所在科学普及教育和科学研究领域发挥重要作用，在普及科学知识、传播先进文化、弘扬科学精神和倡导科学思维等方面，成为我国现代科学文明与创新文化的重要源泉和基地。国家动物博物馆曾先后被授予"全国科普教育基地"、"北京市社会大课堂资源单位"、"首批全国中小学科普教育社会实践基地"等荣誉称号。
